根據生態系統的環境性質和形態特征來劃分，生態系統可分為水生態系統和陸地生態系統。前者又分為淡水水生生態系統和海洋生態系統；后者又分為森林生態系統、草地生態系統、荒漠生態系統、凍原生態系統、農田生態系統、城市生態系統等。陸地生態系統的劃分主要根據其組成要素、植被等特點，水域生態系統則主要根據物理和地理狀況進一步劃分。